Rejestrowane czynności w SEP mogą być sumowane (miesięcznie, rocznie itp.), filtrowane, a po przesłaniu do systemu finansowo-księgowego, zaliczane w koszty danego projektu i np. IP Box’a. Podobnie można postąpić naliczając pracownikom tzw. Koszty Uzyskania Przychodu (KUP 50%), które wyliczane są podobnie jak
IP Box na podstawie danych rejestrowanych w SEP’ie. Tworzone przez pracowników udokumentowane dzieła stanowią podstawę do zastosowania ulgi z tytułu KUP na poziomie 50%, co istotnie może wpłynąć na ich uposażenie miesięczne netto.